O Instituto ECOA tem sua estrutura organizacional interna sistematizada em sentido vertical e horizontal a fim de modelar estratégias, definir metas e objetivos de acordo com uma cadeia de hierarquia que caminha da posição de liderança maior até as funções que que deverão ser repassados aos demais colaboradores.

O Instituto ECOA tem sua liderança máxima, no cargo de Diretor Presidente, o advogado, professor e escritor sobralense, Mendes Junior. Mestre em Direito Constitucional pela Universidade de Fortaleza (UNIFOR). Especialista em Direito Tributário pelo Centro Universitário 7 de Setembro (UNI7). É Presidente do Contencioso Administrativo Tributário do Município de Sobral (CONTRIM). É membro da Associação Cearense dos Escritores (ACE) e do Centro Cultural Dom José.